A concessão da Marina do Parque das Nações foi atribuída pelo Estado (representado pela Parque EXPO 98) em concurso público, à sociedade Marina EXPO, em 1996.
Após um período de inoperacionalidade (2002-2008), a marina reabriu ao público em 2009, com a denominação de Marina do Parque das Nações, tendo já a Parque EXPO 98 como acionista maioritário. A concretização do projeto de reoperacionalização permitiu que a marina se apresentasse com uma infraestrutura renovada, dispondo de cerca de 400 postos de amarração para embarcações de recreio (localizados na Bacia Sul) e um terrapleno para apoio técnico às embarcações. O estabelecimento dispõe ainda de um cais de eventos (no interior da Bacia Sul), assim como de um cais de espera e de um cais de abastecimento (ambos localizados no anteporto), e um parque de estacionamento para 120 viaturas. Fazem igualmente parte integrante do estabelecimento a Ponte-Cais, o Edifício Nau e a Bacia Norte. Em 2010, a Marina do Parque das Nações assumiu ainda a responsabilidade pela gestão e exploração do Centro Náutico, até então explorado pelo Oceanário de Lisboa, S.A.
Em agosto de 2018, o Decreto-lei n.º 67/2018, de 17 de agosto, estabeleceu a transferência da participação societária da Parque EXPO 98 relativamente à Marina do Parque das Nações para a DGTF.